El primer inconveniente es el alto coste que supone este tipo de hardware: videoproyector, tablero interactivo y consecutivo mantenimiento. Con respecto al hardware, hay que tener en cuenta además una buena luminosidad y resolución.
En segundo lugar, destacaría la falta de motivación en un determinado sector del profesorado. Si el profesor no quiere ver las ventajas que supone dicha herramienta, no la usará y el alumnado no se favorecerá. En relación, a la falta de motivación está la falta de formación inicial tanto a nivel metodológico como tecnológico. De cualquier modo, en muchos casos la reticencia del profesorado a usar las PDI o cualquier otro recurso innovador es como el pez que se muerde la cola: la falta de formación es en realidad una excusa, ya que Internet ofrece infinidad de recursos gratuitos sobre PD; sin embargo, la falta de interés lleva al profesorado a excusarse en su ineptitud para el uso de las NTIC.
En tercer lugar, la inversión de tiempo necesaria para usar las PDs podría considerarse otra desventaja dada la necesidad de buscar nuevos recursos, seleccionarlos, adaptarlos, etc; no obstante, creo que esto sería transitorio, ya que a largo a plazo una PD llegará a ahorrar tiempo al profesor: por ejemplo, a la hora de repasar basta con mostrar el resultado de una antigua pizarra ya guardad.
Por último, una desventaja importante es también la falta de apoyo de la directiva y claustro de los centros educativos.